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用途基因功能研究、免/殺傷/增殖等、抗體活性篩選（細(xì)胞水平的結(jié)合和阻斷）、CAR分子的殺傷活性評價。材料與儀器（以慢pMSCV載體為例）包含目的基因和eGFP-Tag的pMSCV質(zhì)粒、帶有eGFP-Tag的pMSCV空載質(zhì)粒、GAG質(zhì)粒、VSV質(zhì)粒、Puromycin、Polybrene、Lipo3000、HEK293T細(xì)胞、opti-MEM、DMEM、FBS、雙抗、μm的濾膜、熒光顯微鏡等。步驟1、基因的構(gòu)建1)根據(jù)目的基因mRNA編碼區(qū)設(shè)計引物，分別在引物兩端加入酶切位點EcoRI和BglII。2)從細(xì)胞中提取目的基因mRNA，然后逆轉(zhuǎn)錄成cDNA，然后從cDNA里面用引物把目的基因的CDS區(qū)擴增出來。PCR擴增出帶有酶切位點的目的基因編碼區(qū)序列，連接至pMD19-T載體后轉(zhuǎn)化至感受態(tài)DH5α，分別進行菌落PCR鑒定和酶切鑒定。3)使用EcoRI和BglII雙酶切下目的基因序列，電泳割膠回收純化，連接到pMSCV-eGFP載體。再次轉(zhuǎn)化到感受態(tài)DH5α，菌落PCR鑒定和酶切鑒定成功后，送至公司測序、鑒定。4)鑒定成功后，將質(zhì)粒轉(zhuǎn)化至感受態(tài)DH5α中，并進行無內(nèi)質(zhì)粒抽提。GAG質(zhì)粒和VSV質(zhì)粒同樣可以轉(zhuǎn)化至感受態(tài)DH5α中，并進行無內(nèi)質(zhì)粒抽提。質(zhì)粒抽提后冷凍于-20℃保存。2、慢包裝1)使用DMEM完全培養(yǎng)基培養(yǎng)6cm皿HEK293T至匯合度為70~80%。干貨分享 | PCR反應(yīng)污染原因追蹤及污染處理方法。上海病理科研技術(shù)服務(wù)實驗室

原理以慢病毒包裝為例，主要包括3個質(zhì)粒：質(zhì)粒DNA可以轉(zhuǎn)錄出慢病毒遺傳物質(zhì)(RNA)，但不能翻譯出慢病毒的外殼及蛋白成分的載體質(zhì)粒，其同時含有目的基因和報告基因，psPAX2是可以表達慢病毒外殼的質(zhì)粒，其表達產(chǎn)物可通過粘附機制更易穿過細(xì)胞膜。為慢病毒的膜蛋白質(zhì)粒，通過脂質(zhì)體進行三質(zhì)粒共轉(zhuǎn)到靶細(xì)胞基因組中，宿主基因組在表達時，隨宿主基因轉(zhuǎn)錄出的目的基因RNA與psPAX2、基因翻譯出的蛋白組裝為慢病毒。病毒進入細(xì)胞后，其遺傳物質(zhì)RNA逆轉(zhuǎn)錄出DNA，該基因再整合到靶細(xì)胞的基因組中，完成轉(zhuǎn)染過程。因為質(zhì)粒DNA只能轉(zhuǎn)錄出病毒RNA和表達目的基因卻不能表達出病毒的外殼和膜蛋白成分，因此其不能像普通的病毒一樣在宿主細(xì)胞能反復(fù)增殖，故對宿主細(xì)胞是無害的并且高效的將目的基因轉(zhuǎn)染到靶細(xì)胞基因組中。用途病毒產(chǎn)生，包裝病毒。材料與儀器無菌1×PBS，對數(shù)期293T細(xì)胞，細(xì)胞計數(shù)器，病毒質(zhì)粒(以慢病毒為例：psPAX2/)，轉(zhuǎn)染試劑(lipMax或者lipo3000)，Polybrene、病毒濃縮液(生物公司有售)等。步驟(1)293T細(xì)胞鋪板取對數(shù)生長期的293T細(xì)胞，用的胰蛋白酶消化293T細(xì)胞，計數(shù)。若是10cm大皿，建議按照10-12×106每皿的數(shù)量將293T細(xì)胞均勻鋪入。若是6孔板。上海模式科研技術(shù)服務(wù)培養(yǎng)生物分子學(xué)的研究范圍非常廣，包括蛋白質(zhì)、核酸、糖類、脂質(zhì)等生物分子的結(jié)構(gòu)、功能和相互作用等方面。

轉(zhuǎn)錄組和m6A分析顯示精子發(fā)生相關(guān)基因的表達和選擇性剪接發(fā)生了改變[19]。YTHDC2可促進靶基因的翻譯效率，并降低其mRNA的豐度，在精子發(fā)生過程中起關(guān)鍵作用。當(dāng)減數(shù)**開始時YTHDC2表達上調(diào)，YTHDC2敲除小鼠的生殖細(xì)胞沒有經(jīng)過偶線期的發(fā)育導(dǎo)致小鼠不育[20]。在DNA損傷反應(yīng)中，METTL3可促進DNA聚合酶κ（Polκ）與核酸剪切修復(fù)途徑快速定位到UV引起的DNA損傷位點，當(dāng)缺失METTL3時，細(xì)胞無法迅速修復(fù)UV照射引起的突變，并且對UV照射更加敏感[25]。在淋巴細(xì)胞性小鼠過繼轉(zhuǎn)移模型中，Mettl3缺陷通過影響mRNAm6A修飾，降低SOCS家族mRNA衰減，增加mRNA和蛋白表達水平，從而抑制IL-7介導(dǎo)的STAT5活性和T細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)態(tài)增殖和分化，進而抑制腸炎的發(fā)生[21]。在肝中，METTL14通過調(diào)控pri-miRNA的m6A修飾，影響MiR-126的生成加工，從而抑制肝的轉(zhuǎn)移[22]。在乳腺細(xì)胞中，低氧刺激能促進依賴低氧誘導(dǎo)因子HIF的ALKBH5的表達，而ALKBH5過表達降低了NANOGmRNA的m6A修飾，從而穩(wěn)定mRNA提高NANOG的表達水平，終增加乳腺干細(xì)胞所占的比例[23]。此外，低氧誘導(dǎo)乳腺細(xì)胞中依賴ZNF217的NANOG和KLF4的mRNAm6A甲基化抑制，且ALKBH5敲除降低免疫缺陷小鼠乳腺的肺轉(zhuǎn)移[24]。在肺中。

圖2MAZTER-Seq實驗流程圖圖3MAZTER-MINE分析m6A示意圖接下來作者便是要驗證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下，檢測到的剪切效率高于野生型（剪切效率高低m6A水平），m6A抗體富集后的樣品剪切效率也低于未富集的Input組。整體水平可靠，那檢測的特異性位點是否準(zhǔn)確呢？作者也將該方法檢測到的新甲基化位點使用放射標(biāo)記層析檢測，發(fā)現(xiàn)預(yù)測的位點準(zhǔn)確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中，作者則是與m6A抗體IP的方法進行了比較，也證實了這一方法的可行性。圖5MAZTER-Seq檢測結(jié)果驗證圖6MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析此外，后文中作者也在大規(guī)模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態(tài)和酵母減數(shù)**模型中檢測了MAZTER-Seq這一系統(tǒng)；并進一步通過這一方法檢測了哺乳動物不同細(xì)胞間m6A水平的保守性；也探究了去甲基化酶FTO對整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術(shù)，其他部分暫不過多分析了。新的技術(shù)能拓展我們的研究內(nèi)容；對于這一技術(shù)。此外，動物模型的倫理問題也不容忽視，科研人員需要在符合倫理規(guī)定的前提下進行相關(guān)研究。

準(zhǔn)備碎冰和。把膜置于甲醇溶液中活化1分鐘，然后轉(zhuǎn)移至轉(zhuǎn)膜液中平衡3分鐘后備用。2、轉(zhuǎn)膜組裝轉(zhuǎn)膜三明治夾，這一步很關(guān)鍵，重要的是膠和膜之間不能有氣泡且膜與膠要保證貼合緊密(否則會翻車)，可以加多點轉(zhuǎn)膜液泡著。組裝好后加滿轉(zhuǎn)膜液，設(shè)置電源參數(shù)，我習(xí)慣恒流轉(zhuǎn)膜，200-280毫安，1-2小時，根據(jù)分子量定，如50KD的分子用60分鐘就夠了。如果一個電源帶兩個轉(zhuǎn)膜大槽即四塊膠，我就會用恒壓70-110V。這個過程重要的是做好降溫。這里簡單說一下蛋白分子量與玻璃板厚度，分離膠的濃度，轉(zhuǎn)膜電源參數(shù)的選擇問題。如果是能用1毫米的玻璃板就不用，因為轉(zhuǎn)膜是在電場的作用下蛋白分子從膠上遷移到膜上，1毫米膠的蛋白遷移距離要比。選擇更薄的膠蛋白轉(zhuǎn)膜時間可以減少，從而減少發(fā)熱，以免膠變形，條帶也會更好看。然后是分離膠的濃度，如果是150—200KD的分子選10%以下的的分離膠，200—300KD的選8%的,300KD以上的選6%的，小于30KD的200mA30分鐘，30-100KD的按分子量的數(shù)值算，如70KD，250mA70分鐘;100-150KD的250mA100分鐘;150—300KD的分子轉(zhuǎn)膜條件用280毫安(以上均是對于，)，120分鐘足矣，前提是膠的濃度相適應(yīng)。五、封閉孵一抗1、封閉轉(zhuǎn)膜結(jié)束后。細(xì)胞核是細(xì)胞的控制中心，它包含了遺傳物質(zhì)DNA，控制著細(xì)胞的生長和**。上海動物科研技術(shù)服務(wù)構(gòu)建

培養(yǎng)基有很多不同的名字是因為根據(jù)不同細(xì)胞的培養(yǎng)和應(yīng)用場景。上海病理科研技術(shù)服務(wù)實驗室

RNA各種可逆的化學(xué)修飾被認(rèn)為是一種新的表觀遺傳調(diào)控方式。m6A是真核生物mRNA常見的化學(xué)修飾，在調(diào)控mRNA穩(wěn)定性，剪切和翻譯方面具有重要的作用。作者使用轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)現(xiàn)了METTL3（甲基轉(zhuǎn)移酶3），一種主要的RNAN6-腺苷-甲基轉(zhuǎn)移酶，在人肝細(xì)胞（HCC）和多種實體中高表達。在臨床上，METTL3的過度表達與肝細(xì)胞患者不良預(yù)有關(guān)。體外實驗證明敲除METTL3會抑制HCC細(xì)胞增殖，遷移及克隆形成。體內(nèi)實驗證明敲除METTL3會明顯抑制HCC體內(nèi)成瘤和肺轉(zhuǎn)移。另外，使用CRISPR/dCas9-VP64系統(tǒng)，內(nèi)源性高表達METTL3會促進HCC細(xì)胞在體外和體內(nèi)生長。通過轉(zhuǎn)錄組測序、m6A-Seq、MeRIP-PCR，作者確定了SOCS2（細(xì)胞因子信號2的抑制因子）作為METTL3介導(dǎo)的m6A修飾的下游靶基因。敲除METTL3表達會消除SOCS2mRNAm6A修飾并增強SOCS2mRNA表達。m6A介導(dǎo)的SOCS2mRNA降解是依賴于m6A“讀取器”蛋白YTHDF2?？傊?，METTL3在HCC大部分高表達中,并通過m6A-YTHDF2依賴機制抑制SOCS2表達從而促進HCC進展。因此，作者發(fā)現(xiàn)了在肝發(fā)生過程中表觀遺傳改變的一種新機制。圖4RNA甲基化轉(zhuǎn)移酶METLLT3在肝組織中高表達。上海病理科研技術(shù)服務(wù)實驗室